По всей территории Гондураса обитает множество диких животных, уцелевших благодаря относительно слабой заселенности этого горного края, тропический климат которого не слишком комфортен для человека. Здесь встречаются как обычные для Центральной Америки, так и редкие виды: медведи, различные виды оленей, обезьяны, дикие свиньи и пекари, тапиры, барсуки, койоты, волки, лисы, ягуары, пумы, рыси, оцелоты, редкая черная пантера и много других, более мелких кошачьих, аллигаторы, крокодилы, игуаны и змеи, в том числе ядовитые (к числу последних относятся смертельно опасные кайсака и каскавела), а также муравьеды, коати, ленивцы, броненосцы и кинкажу. Богатая орнитофауна включает дикую индейку, фазана, попугаев, в том числе ара, цаплю, тукана и множество других видов.